Παρόλο που υπήρχαν αποσχιστικά κινήματα στον Παναμά όταν ήταν μέρος της Κολομβίας κατά τον 19ο αιώνα, δεν υπήρχε αναγνωρισμένη σημαία του Παναμά. Το 1903, όταν η σύγκλητος της Κολομβίας απέρριψε την προτεινόμενη συνθήκη με τις Ηνωμένες Πολιτείες που θα προέβλεπε την κατασκευή ενός καναλιού του Παναμά, οι Αμερικανοί βοήθησαν το κίνημα ανεξαρτησίας του Παναμά και ιδρύθηκε η Δημοκρατία του Παναμά.
Αρχικά προτάθηκε ένα σχέδιο σημαίας που χρησιμοποιούσε τα χρώματα της κολομβιανής σημαίας. Αποτελείται από ίσες οριζόντιες ρίγες κόκκινου και κίτρινου χρώματος με μπλε καντόνιο που φέρει δύο συνδεδεμένους κίτρινους ήλιους, συμβολίζοντας τη σύνδεση των δύο μισών του πλανήτη με το μελλοντικό κανάλι του Παναμά. Ο σχεδιασμός της σημαίας που τελικά επιλέχθηκε έγινε επίσημος στις 4 Ιουλίου 1904. χωρίστηκε ανά τρίμηνο με δύο αστέρια. Ο αποδιδόμενος συμβολισμός ήταν η εναλλαγή των δύο μεγάλων πολιτικών κομμάτων στην κυβέρνηση (αρχικά, το κόκκινο ήταν για τους φιλελεύθερους, το μπλε για τους συντηρητικούς και το λευκό για την ειρήνη μεταξύ τους), αν και τα χρώματα και τα αστέρια υπαινίχθηκαν σαφώς την επίδραση της σημαίας του οι Ηνωμένες Πολιτείες. Η σημαία του Παναμά σχεδιάστηκε από τον Manuel E. Amador, γιο του πρώτου προέδρου της νέας δημοκρατίας.
