Το Συμβούλιο του Trent.
Τον Μάιο του 1536 ο Πάπας Παύλος δημοσίευσε έναν ταύρο συγκατάθεσης για το προτεινόμενο συμβούλιο που θα πραγματοποιηθεί στη Μάντοβα. Εξουσιοδότησε επίσης μια επιλεγμένη ομάδα καρδινάλων να συντάξει μια έκθεση για τις κακοποιήσεις εντός της εκκλησίας. Καθοδηγούμενος από τον Καρδινάλιο Gasparo Contarini, αυτή η ομάδα κατήγγειλε το χειροτονισμό των κακώς προετοιμασμένων ιερέων, την επιλογή ανίκανων επισκόπων, τη συσσώρευση ωφελημάτων και την παρακμή των θρησκευτικών τάξεων, του κηρύγματος και της φροντίδας των ψυχών. Η έκθεση, ωστόσο, έπεσε στα προτεσταντικά χέρια και χρησιμοποιήθηκε από τον Λούθερ σε μια βίαιη επίθεση στη Ρωμαϊκή Εκκλησία και τον παπισμό. Ωστόσο, ο Πάπας συνέχισε τα σχέδιά του για τη διεξαγωγή του συμβουλίου, το οποίο είχε προγραμματιστεί να ανοίξει στις 23 Μαΐου 1537, στη Μάντοβα. Με απεριόριστη υπομονή, ο Παύλος προσπάθησε να ξεπεράσει την αντιπολίτευση του αυτοκράτορα, των βασιλέων, των πρεσβυτέρων και των πρίγκιπων, προχωρώντας και αναβάλλοντας το άνοιγμα του συμβουλίου ξανά και ξανά κατά τη διάρκεια εννέα ετών, αλλά τελικά κατάφερε να το εγκαινιάσει από τον κληρονόμο του, τον Καρδινάλιο Τζιοβάνι ντελ Monte, στο Trent στις 13 Δεκεμβρίου 1545.
Σεβασμό στη διαμαρτυρία των Προτεσταντών, ο αυτοκράτορας επέμεινε ότι το συμβούλιο περιορίζεται κυρίως στην αντιμετώπιση της πειθαρχίας και της μεταρρύθμισης. Παρ 'όλα αυτά, επικρατούσε η απόφαση του Πάπα να δοθεί προτεραιότητα στα δογματικά ζητήματα, και, στις πρώτες συνεδριάσεις του, το Συμβούλιο του Τρεντ έσπασε διατάγματα σχετικά με τον κανόνα των Γραφών, την αρχική αμαρτία, την αιτιολόγηση και τα μυστήρια, καθώς και για τη μεταρρύθμιση. Οι φόβοι για την πανούκλα και την απειλή μιας επίθεσης από ένοπλες προτεσταντικές δυνάμεις ώθησαν τον Πάπα να δεχθεί τη μεταφορά του συμβουλίου στην Μπολόνια τον Φεβρουάριο του 1548. Αλλά ο αυτοκράτορας απαγόρευσε στους ισπανούς και γερμανούς ιερείς να μεταβούν στη Μπολόνια και ο Πάπας έπρεπε να αναστείλει το Συμβούλιο στις 17 Σεπτεμβρίου 1549. Παρ 'όλα αυτά, αυτή η πρώτη φάση του Συμβουλίου του Trent είχε επιτύχει ένα σημαντικό βήμα προς τα εμπρός, οδηγώντας σε μια διεξοδική μεταρρύθμιση της διδασκαλίας και της πειθαρχίας της Εκκλησίας.
Καθ 'όλη τη διάρκεια του πιστοποιητικού του, ο Πάπας Παύλος επισκέφτηκε συχνά σημεία προβληματισμού στα παπικά κράτη και πέρα από αυτό. Ήταν στο Civitavecchia το 1535 και το 1537. επισκέφθηκε τη Λούκα και την Πιατσέντσα στο δρόμο της προς τη Νίκαια το 1538. εμφανίστηκε στην Περούτζια για να κατευνάσει την πόλη αφού οι δυνάμεις του έσπασαν την εξουσία της οικογένειας Colonna το 1540. και το 1543 επισκέφθηκε τη Μπολόνια στο δρόμο του στο Μπούσετο για να συναντήσει τον αυτοκράτορα.
