Το Αφρικανικό Κόμμα για την Ανεξαρτησία της Γουινέας και το Πράσινο Ακρωτήριο (PAIGC) βρήκε έτοιμη υποστήριξη σε αυτές τις πορτογαλικές αποικίες για το μήνυμα κοινωνικής και οικονομικής προόδου μέσω της πολιτικής επανάστασης. Το 1961 υιοθέτησε μια σημαία κάπως παρόμοια με εκείνη των γειτονικών ανεξάρτητων χωρών της Γουινέας και της Γκάνας, οι οποίες στη συνέχεια συζητούσαν μια μελλοντική ομοσπονδία γης της Δυτικής Αφρικής. Στο παναφρικανικό κόκκινο-κίτρινο-πράσινο, το κίνημα απελευθέρωσης για τη Γουινέα-Μπισάου πρόσθεσε ένα μαύρο αστέρι στη λωρίδα ανύψωσης. Αυτή η λωρίδα και το αστέρι αντιστοιχούσαν γεωγραφικά στη δυτική παράκτια περιοχή με την πρωτεύουσα, το Μπισάου (από το οποίο προήλθε το εθνικό όνομα). Οι οριζόντιες ρίγες στο υπόλοιπο τμήμα της σημαίας και τα κίτρινα και πράσινα χρώματα τους αντιστοιχούσαν περίπου στις σαβάνες του βορρά και στα δάση του νότου.
Επισήμως το μαύρο αστέρι λέγεται ότι είναι σύμβολο της ηγεσίας του PAIGC, το χρώμα του αναφέρεται στον αφρικανικό λαό και την αποφασιστικότητά τους να ζήσουν με αξιοπρέπεια, ελευθερία και ειρήνη. Το κίτρινο ερμηνεύτηκε ως σύμβολο της συγκομιδής και των καρπών της εργασίας, τόσο στη γεωργία όσο και αλλιώς. Ο Πράσινος υπενθύμισε τις τεράστιες ζούγκλες και τις γεωργικές εκτάσεις, που παρείχαν τα προς το ζην για τη συντριπτική πλειοψηφία των πολιτών. Η σημαία του κόμματος ενσωμάτωσε επίσης τα αρχικά PAIGC, παραλείφθηκαν όταν διακηρύχθηκε η ανεξαρτησία στις 24 Σεπτεμβρίου 1973. Η Πορτογαλία δεν αναγνώρισε τη Γουινέα-Μπισάου ή τη σημαία της παρά μόνο μετά την επανάστασή της το 1974. Ωστόσο, μεγάλο μέρος της Γουινέας-Μπισάου ήταν ήδη υπό τον έλεγχο του PAIGC και της σημαίας του. Το Πράσινο Ακρωτήριο τελικά εγκατέλειψε τη μαρξιστική πολιτική του PAIGC και άλλαξε την εθνική του σημαία, αλλά η Γουινέα-Μπισάου διατηρεί το αρχικό σχέδιο.
