Η Βοσνία, με τον μικτό εθνοτικό πληθυσμό της, δεν ανέπτυξε ποτέ ξεχωριστά εθνικά σύμβολα. Για παράδειγμα, υπό την ηγεσία της κομμουνιστικής Γιουγκοσλαβίας από το 1946 έως το 1991–92, η Σοσιαλιστική Δημοκρατία της Βοσνίας και Ερζεγοβίνης απλώς χρησιμοποίησε ένα κόκκινο πανό με μια μικρή εκδοχή της γιουγκοσλαβικής εθνικής σημαίας στο καντόνι. Την εποχή που διακηρύχθηκε η ανεξαρτησία στις 3 Μαρτίου 1992, δεν υπήρχε καμία σημαία που να ήταν αποδεκτή από τους Βόσνιους, τους Σέρβους και τους Κροάτες της χώρας. Η κυβέρνηση που κυριαρχείται από τη Βοσνία υιοθέτησε επομένως αυτό που ελπίζει ότι θα είναι ένα ουδέτερο σύμβολο από το παρελθόν. Επέλεξε το εθνόσημο που χρησιμοποίησε ο Βασιλιάς Στζέπαν Τόμας (βασιλεύει το 1443–61), το οποίο αποδίδει στον μεγαλύτερο μεσαιωνικό Βόσνιο κυβερνήτη, τον Τρρτκο Ι (1377–91). Εκείνη η μπλε ασπίδα με μια λευκή διαγώνια λωρίδα που χωρίζει έξι χρυσά φλερτ-ντε-λισς τοποθετήθηκε στο κέντρο μιας λευκής σημαίας. Η καλλιτεχνική παράσταση, που εγκρίθηκε επίσημα στις 4 Μαΐου 1992, δημιουργήθηκε από τον Zvonimir Bebek.
Αυτή η σημαία απορρίφθηκε από πολλούς Κροάτες και Σέρβους καθώς το έθνος μπήκε σε εμφύλιο πόλεμο. Συμφωνίες ειρήνης που υπογράφηκαν στο Ντέιτον, Οχάιο, ΗΠΑ, στα τέλη του 1995 αναγνώρισαν τη διάσπαση της χώρας μεταξύ της Σερβικής Δημοκρατίας και της Ομοσπονδίας της Βοσνίας-Ερζεγοβίνης, που συχνά αποκαλείται Κροατο-Μουσουλμανική ομοσπονδία. Κάθε κράτος είχε τα δικά του σύμβολα, και οι Κροάτες συνέχισαν να χρησιμοποιούν την κροατική σημαία κατά προτίμηση από τη σημαία της ομοσπονδίας, αλλά η σημαία της δημοκρατίας του 1992 εξακολουθεί να αναγνωρίζεται διεθνώς.
Οι συμφωνίες του 1995 ζήτησαν την τελική δημιουργία μιας σημαίας για την αντικατάσταση του σχεδίου του 1992, αλλά ο εθνικός νομοθέτης ήταν αναποτελεσματικός ως προς αυτό. Έτσι, τα Ηνωμένα Έθνη καθιέρωσαν μια νέα σημαία (4 Φεβρουαρίου 1998) που δεν μπορούσε να συνδεθεί συμβολικά με μια μόνο εθνοτική, θρησκευτική ή πολιτική ομάδα.
