Ιαπωνική Ορθόδοξη Εκκλησία, αυτόνομο σώμα της Ανατολικής Ορθόδοξης Εκκλησίας, σε κανονική σχέση με το Πατριαρχείο της Μόσχας, το οποίο επιβεβαιώνει την εκλογή του μητροπολίτη του Τόκιο. Η Ιαπωνική Ορθόδοξη Εκκλησία δημιουργήθηκε από τις προσπάθειες ενός εξαιρετικού ιεραπόστολου, Νικολάι Κασάτκιν (1836–1912), ο οποίος έγινε ο πρώτος Ορθόδοξος αρχιεπίσκοπος της Ιαπωνίας και ήταν κανονικός άγιος το 1970.
Από την αρχή της αποστολής (1872), η εκκλησία δεν εξαρτάται ποτέ από ξένο ιεραποστολικό προσωπικό. Οι Ιάπωνες ιερείς χειροτονήθηκαν αφού εκπαιδεύτηκαν σε ένα σχολείο στο Τόκιο και μια συνέλευση κληρικών και λαϊκών έχει τον πλήρη έλεγχο των υποθέσεων της εκκλησίας. Αυτός ο γηγενής χαρακτήρας της Ιαπωνικής Ορθοδοξίας του επέτρεψε να επιβιώσει σε διάφορες πολιτικές δοκιμές και περιόδους απομόνωσης, όπως ο Ρωσο-Ιαπωνικός πόλεμος και οι δύο Παγκόσμιοι Πόλεμοι. Μεταξύ 1945 και 1970 η εκκλησία ήταν υπό την εκκλησιαστική δικαιοδοσία του ρωσικού μητροπολιτικού Αμερικής. Το 1970 έλαβε ένα μόνιμο αυτόνομο καταστατικό από το πατριαρχείο της Μόσχας, τη μητρική εκκλησία του. Ο Ορθόδοξος καθεδρικός ναός του Τόκιο - που ονομάζεται Nikolay Cathedral, για τον ιδρυτή του, Nikolay Kasatkin - είναι ένα από τα μεγαλύτερα θρησκευτικά κτίρια στην ιαπωνική πρωτεύουσα. Η εκκλησία, που αριθμεί περίπου 30.000 μέλη, έχει επισκοπές στο Τόκιο, το Κιότο και το Σεντάι.
