Στη δεκαετία του 1980 και του '90, το παρεκκλήσι Sistine υποβλήθηκε σε ένα μακρύ και περίπλοκο πρόγραμμα αποκατάστασης που χρηματοδοτήθηκε από μια ιαπωνική τηλεοπτική εταιρεία και πραγματοποιήθηκε από κορυφαίους Ιταλούς και διεθνείς εμπειρογνώμονες. Ο καθαρισμός αφαίρεσε αιώνες βρωμιάς, σκόνης και καπνού κεριών από τις τοιχογραφίες και αποκάλυψε απροσδόκητα λαμπρά χρώματα που εν μέρει έρχονται σε αντίθεση με τις διάσημες γλυπτικές ιδιότητες του αριστούργημα του Μιχαήλ Άγγελου. Μια έντονη διαμάχη –με συμμετοχή πολλών αποκαταστατών, ιστορικών τέχνης και εμπειρογνωμόνων σε σχετικούς τομείς– περιβάλλει το έργο από την αρχή του. Η συζήτηση επικεντρώθηκε σε ένα σημαντικό ζήτημα: είχε ο Μιχαήλ Άγγελος, με τον τρόπο των τοιχογραφιών της εποχής, να τροποποιήσει την τελική τοιχογραφία του με σεκο (ξηρό) χρώμα μετά το στέγνωμα του σοβά; (Οι ζωγράφοι της νωπογραφίας το έκαναν συνήθως ως μέσο διόρθωσης σφαλμάτων, εξευγενισμού των έργων τους και εφαρμογής χρωστικών που δεν μπορούσαν να ανεχθούν την επαφή με το νερό.) Και αν ναι, η αφαίρεση κάθε στρώματος από τους αποκαταστάτες μέχρι το νωπογραφημένο γύψο παραποίησε τις προθέσεις του καλλιτέχνη; Σε αυτήν την περίπτωση, η σκίαση, οι διορθώσεις και οι κόλλες που αφαιρέθηκαν από τους αποκαταστάτες φαίνεται να ήταν το αποτέλεσμα προηγούμενων εκστρατειών αποκατάστασης. Ενώ η διαμάχη για την αποκατάσταση του παρεκκλήσι Sistine εξακολουθεί να συζητείται μερικές φορές, οι συντηρητές τέχνης δεν το θεωρούν πλέον θέμα.
