Ωοθήκη, σε βοτανική, μεγεθυμένο βασικό τμήμα του πιστολιού, το θηλυκό όργανο ενός λουλουδιού. Η ωοθήκη περιέχει ωάρια, τα οποία αναπτύσσονται σε σπόρους κατά τη γονιμοποίηση. Η ίδια η ωοθήκη θα ωριμάσει σε φρούτα, ξηρά ή σαρκώδη, περικλείοντας τους σπόρους.
Μια απλή ή μονοκαρβική ωοθήκη σχηματίζεται από ένα απλό καρπέλ, ένα εξελικτικά τροποποιημένο φύλλο. Έχει ένα σημείο (θάλαμο), εντός του οποίου βρίσκονται οι ωοθήκες. Μια ωοθήκη πολλαπλών καρβέλων αποτελείται από περισσότερα από ένα καρπέλ και μπορεί να έχει μία ή περισσότερες θέσεις.
Η θέση των ωοθηκών είναι ένα χρήσιμο χαρακτηριστικό στην ταξινόμηση. Μια ωοθήκη που είναι τοποθετημένη πάνω από άλλα ανθικά μέρη ονομάζεται ανώτερη (βλ. Φωτογραφία). όταν βρίσκεται κάτω από την προσάρτηση άλλων λουλουδιών, είναι κατώτερη (βλ. φωτογραφία).
