Κοπτική Ορθόδοξη Εκκλησία της Αλεξάνδρειας, που ονομάζεται επίσης Κοπτική Ορθόδοξη Εκκλησία, Ανατολική Ορθόδοξη Εκκλησία και κύρια χριστιανική εκκλησία στην κυρίως Μουσουλμανική Αίγυπτο. Οι κάτοικοι της Αιγύπτου πριν από την αραβική κατάκτηση τον 7ο αιώνα ταυτοποίησαν τον εαυτό τους και τη γλώσσα τους στα ελληνικά ως Αιγύπτιος (αραβικό qibṭ, δυτικοποιημένο ως Κοπ). Όταν αργότερα οι Αιγύπτιοι Μουσουλμάνοι έπαψαν να ονομάζονται Αιγύπτιοι, ο όρος έγινε το χαρακτηριστικό όνομα της χριστιανικής μειονότητας. Τον 19ο και τον 20ο αιώνα άρχισαν να αποκαλούνται Κοπτικοί Ορθόδοξοι για να ξεχωρίσουν και τους δύο από τους Κοπτούς που είχαν μετατραπεί σε Ρωμαιοκαθολικισμό (βλ. Επίσης Κοπτική Καθολική Εκκλησία) και από τους Ανατολικούς Ορθόδοξους, που είναι ως επί το πλείστον Έλληνες (βλ. Επίσης Ελληνικό Ορθόδοξο Πατριαρχείο Αλεξανδρεία).
Τον 4ο και τον 5ο αιώνα προέκυψε θεολογική σύγκρουση μεταξύ των Κοπτών και των Ελληνόφωνων Ρωμαίων ή Μελχίτων στην Αίγυπτο. Το Συμβούλιο της Χαλκηδόνας (451) απέρριψε το δόγμα μονοφυσίτη - την πεποίθηση ότι ο Ιησούς Χριστός είχε μόνο θεϊκό, όχι άνθρωπο, φύση - και επιβεβαίωσε τόσο τη θεότητά του όσο και την ανθρωπότητά του. Οι Μελχίτες αναγνώρισαν το αποτέλεσμα της Χαλκηδόνας. Η κοπτική εκκλησία, ωστόσο, έγινε μια από τις πολλές ανατολικές εκκλησίες που απέρριψαν τη Χριστολογική γλώσσα για τις δύο φύσεις του Χριστού που συμφωνήθηκαν στη Χαλκηδόνα. Ωστόσο, ενώ οι Ρωμαιοκαθολικές και Ανατολικές Ορθόδοξες Εκκλησίες καταδίκασαν αυτές τις Ανατολικές εκκλησίες ως μονοφυσικοί αιρετικοί, η Κοπτική εκκλησία και άλλες προ-Χαλκηδονικές ή (από τον 20ο αιώνα) οι Ανατολικές Ορθόδοξες εκκλησίες υιοθέτησαν μια θεολογική θέση που ονομάζεται miaphysitism. Ομολογώντας τη δήλωση του Αγίου Κύριλλου της Αλεξάνδρειας (περίπου 375–444) που διακηρύσσει τη «μια ενσαρκωμένη φύση του Λόγου» του Θεού, οι miaphysites δήλωσαν ότι τόσο η ανθρωπότητα του Χριστού όσο και η θεότητα ήταν εξίσου παρόντα μέσω της Ενσάρκωσης σε μία μόνο φύση (εξ ου και η Ελληνικό πρόθεμα mia, «ίδιο») με τον Λόγο που έκανε σάρκα. Αντί να αρνούνται την ανθρωπότητα του Χριστού, όπως τους κατηγορήθηκαν, οι κοπτικές και άλλες μαφιυστικές εκκλησίες έδωσαν τόσο στην ανθρωπότητα όσο και στη θεότητά του ίση παρουσία στο πρόσωπο του Χριστού.
Μετά την αραβική κατάκτηση της Αιγύπτου τον 7ο αιώνα, οι Κόπτες σταμάτησαν να μιλούν ελληνικά και το γλωσσικό εμπόδιο προστέθηκε στη διαμάχη. Διάφορες προσπάθειες συμβιβασμού από τους βυζαντινούς αυτοκράτορες κατέστησαν άσκοπες. Αργότερα, οι Άραβες χαλίφη, αν και τείνουν να ευνοούν εκείνους που υιοθετούν το Ισλάμ, δεν παρενέβησαν πολύ στις εσωτερικές υποθέσεις της εκκλησίας. Η jizya, ο φόρος που επιβάλλεται σε μη μουσουλμάνους που ζουν σε ένα ισλαμικό κράτος, καταργήθηκε τον 18ο αιώνα.
Τα αραβικά χρησιμοποιούνται τώρα στις υπηρεσίες της Κοπτικής Ορθόδοξης Εκκλησίας για μαθήματα από τη Βίβλο και για πολλούς από τους μεταβλητούς ύμνους. μόνο ορισμένα σύντομα αποφεύγουν ότι όλοι οι εκκλησιαστικοί άνθρωποι κατανοούν ότι δεν είναι στα Αραβικά. Τα βιβλία υπηρεσιών, χρησιμοποιώντας τις λειτουργίες που αποδίδονται στον Άγιο Μάρκο, τον Άγιο Κύριλο της Αλεξάνδρειας και τον Άγιο Γρηγόριο του Ναζιανζού, είναι γραμμένα σε Κοπτικά (η Βοημική διάλεκτος της Αλεξάνδρειας), με το αραβικό κείμενο σε παράλληλες στήλες.
Η Κοπτική Ορθόδοξη Εκκλησία ανέπτυξε ένα δημοκρατικό σύστημα διακυβέρνησης μετά τη δεκαετία του 1890. Ο πατριάρχης και οι 12 επισκοπικοί επισκοπικοί, με τη βοήθεια κοινοτικών συμβουλίων στα οποία εκπροσωπείται ο λαϊκός, ρυθμίζουν τα οικονομικά των εκκλησιών και των σχολείων και τη διαχείριση των κανόνων που αφορούν τον γάμο, την κληρονομιά και άλλα θέματα προσωπικής κατάστασης. Όταν ο πατριάρχης πεθάνει, ένα εκλογικό σώμα, κυρίως από λαϊκούς, επιλέγει τρεις δεόντως ειδικευμένους μοναχούς ηλικίας τουλάχιστον 50 ετών ως υποψηφίους για το αξίωμα του πατριάρχη. Μεταξύ αυτών των τριών, η τελική επιλογή γίνεται με κλήρωση μετά την προσευχή.
Ο ανώτερος επίσκοπος είναι ο πατριάρχης της Αλεξάνδρειας, ο οποίος κατοικεί στο Κάιρο. Λέγεται Πάπας και ισχυρίζεται αποστολική εξουσία για το αξίωμά του από τον Άγιο Μάρκο. Η εκκλησία έχει τα δικά της δημοτικά και δευτεροβάθμια σχολεία σε πολλά μέρη στην Αίγυπτο, καθώς και ένα ισχυρό κίνημα της Κυριακής-σχολείου για τη θρησκευτική εκπαίδευση παιδιών που δεν μπορούν να πάνε σε κοπτικά σχολεία. Υπάρχει ένα Ινστιτούτο Κοπτικών Σπουδών στο Κάιρο, ένα θεολογικό κολέγιο συνδεδεμένο με το ινστιτούτο και ένα κοπτικό μουσείο. Η διδασκαλία της Κοπτικής Ορθόδοξης Εκκλησίας έχει γίνει ακόμη και η βάση του αναλυτικού προγράμματος που χρησιμοποιείται στη θρησκευτική διδασκαλία των Χριστιανών παιδιών σε κυβερνητικά σχολεία.
Υπάρχουν Κοπτικές Ορθόδοξες εκκλησίες στην Ιερουσαλήμ και σε άλλες περιοχές των Αγίων Τόπων, που χτίστηκαν τον 19ο και 20ο αιώνα, καθώς και μια κοπτική επισκοπή στο Χαρτούμ του Σουδάν. Η εκκλησία έχει επίσης μικρή παρουσία στη Βόρεια Αμερική, την Αυστραλία και το Ηνωμένο Βασίλειο. Οι ορθόδοξες εκκλησίες της Αιθιοπίας, της Αρμενίας και της Συρίας είναι όλες οι Ορθόδοξες Εκκλησίες της Ανατολής σε επικοινωνία με την Ορθόδοξη Εκκλησία της Κοπτικής. Οι Ανατολικές Ορθόδοξες εκκλησίες θεωρούνταν αιρετικές για αιώνες από τους Ρωμαιοκαθολικούς και Ανατολικούς Ορθόδοξους ναούς. Ωστόσο, από τα τέλη του 20ού αιώνα, η Κοπτική Ορθόδοξη Εκκλησία, όπως και άλλες Ορθόδοξες Εκκλησίες της Ανατολής, έχει ξεκινήσει διάλογο και με τις δύο, επιλύοντας πολλές θεολογικές διαμάχες και συγκεντρώνοντας την αναγνώριση ως δογματικά στο κύριο ρεύμα του ορθόδοξου Χριστιανισμού.
