Τον 16ο αιώνα ο William I, πρίγκιπας του Orange, έγινε ηγέτης του ολλανδικού κινήματος ανεξαρτησίας κατά της Ισπανίας. Με βάση τα όπλα του προγονικού εδάφους του Orange, ο William χρησιμοποίησε χρώματα πορτοκαλί, λευκό και μπλε. Στην πολιορκία του Λάιντεν το 1574, οι στρατιώτες φορούσαν αυτά τα χρώματα στις στολές τους και στη συνέχεια εξαπλώθηκε η δημοτικότητα των χρωμάτων μεταξύ των ολλανδών εθνικιστών. Η επαρχία της Ζηλανδίας είχε παρόμοια χρώματα: η σημαία της έδειχνε ένα κόκκινο λιοντάρι που βγαίνει από μπλε και άσπρες ρίγες που αντιπροσωπεύουν τη θάλασσα. Η ολλανδική σημαία στη θάλασσα μετά το 1577 ήταν ένα οριζόντιο τρίχρωμο πορτοκαλί-λευκό-μπλε, αν και δεν υιοθετήθηκε ποτέ επίσημα. Ομοίως, δεν υπήρξε ποτέ επίσημη αναγνώριση για την αντικατάσταση του πορτοκαλιού με κόκκινο, μια μεταμόρφωση που ολοκληρώθηκε έως το 1660. Ήταν η κατάλληλη στιγμή για να παραλείψουμε το πορτοκαλί από τη σημαία, διότι το 1654 μια αμυντική συνθήκη μεταξύ των Ολλανδών και των Άγγλων αποκλείστηκε μόνιμα μέλη του οίκου του Orange από το να είναι αρχηγοί κρατών στις Κάτω Χώρες. (Τον 20ο αιώνα πολλοί δεξιοί Ολλανδοί υποστήριξαν πορτοκαλί-λευκό-μπλε ως «αυθεντική σημαία» των Κάτω Χωρών, αλλά η εθνική σημαία δεν άλλαξε.)
Μετά την επανάστασή τους το 1789 οι Γάλλοι αναγνώρισαν το κόκκινο, το λευκό και το μπλε ως «χρώματα της ελευθερίας» και τίμησαν τις Κάτω Χώρες για πρώτη φορά που τα χρησιμοποίησαν σε μια σημαία (βλ. Γαλλία, σημαία της). Οι φιλο-Γάλλοι «Πατριώτες» στις Κάτω Χώρες έκαναν το πρώτο βήμα σχετικά με μια επίσημη ολλανδική εθνική σημαία όταν η Δημοκρατία των Μπαταβιών τους νομιμοποίησε το κόκκινο-άσπρο-μπλε τρίχρωμο στις 14 Φεβρουαρίου 1796. Όταν ο αδελφός του Ναπολέοντα, ο Λούις, έγινε κυβερνήτης του Βασιλείου του Ολλανδία το 1806, δεν έγινε καμία αλλαγή στην εθνική σημαία. Οι Κάτω Χώρες προσαρτήθηκαν από τη Γαλλία από το 1810 έως το 1813, αλλά, μετά την ανάκτηση της ανεξαρτησίας, το νέο Βασίλειο των Κάτω Χωρών αναγνώρισε και πάλι την κόκκινη-λευκή-μπλε σημαία. Η σημαία, που επιβεβαιώθηκε πρόσφατα με βασιλικό διάταγμα στις 19 Φεβρουαρίου 1937, ενέπνευσε τη χρήση των ίδιων χρωμάτων στις εθνικές σημαίες άλλων χωρών. Παρά την οπτική ομοιότητα μεταξύ της ολλανδικής σημαίας και της σημαίας του Λουξεμβούργου, δεν υπάρχει τεκμηριωμένη σχέση μεταξύ των δύο σχεδίων.
