Η σημαία υιοθετήθηκε από το Εδαφικό Συμβούλιο το 1967. Οι άνισες κάθετες ρίγες της αναφέρονται ως «Καναδικός χλωμός» επειδή αντιστοιχούν σε εκείνες της καναδικής εθνικής σημαίας. (Στην εραλδική, ένα χλωμό είναι μια κεντρική κάθετη λωρίδα σε μια ασπίδα, που συνήθως καλύπτει το ένα τρίτο ή λιγότερο της περιοχής.) Η πράσινη λωρίδα στη σημαία Yukon είναι για τα δάση της περιοχής, ενώ το μπλε είναι για τα ποτάμια και τις λίμνες. το λευκό είναι για το Αρκτικό χιόνι. Το κεντρικό έμβλημα είναι το επίσημο οικόσημο Yukon, το οποίο παραχωρήθηκε στο έδαφος στις 24 Φεβρουαρίου 1956, με βασιλικό ένταλμα. Αυτό το οικόσημο σχεδιάστηκε από τον Διοικητή Alan B. Beddoe, ενώ η σημαία ήταν η ιδέα του κ. Lynn Lambert, μαθητή στο Haines Junction.
Η κορυφή στο οικόσημο διαθέτει ένα σκυλί Malamute, το οποίο χρησιμοποιήθηκε ευρέως στο άνοιγμα του πλούσιου σε ορυκτά εδάφους Yukon σε ευρωπαϊκή κατοικία. Η κυματιστή κάθετη λωρίδα στην ασπίδα αντιπροσωπεύει τον ποταμό Yukon, τα κόκκινα τρίγωνα προτείνουν βουνά και οι χρυσοί δίσκοι αναφέρονται σε χρυσό και άλλα ορυκτά. Ο Σταυρός του Αγίου Γεωργίου (της Αγγλίας), καθώς και το εραλδικό σύμβολο για τη γούνα και το εδαφικό λουλούδι (το fireweed), ολοκληρώνουν το σχεδιασμό του εθνόσημου.
